Molclus:简便的团簇构型和分子构象搜索程序



开发者:卢天(北京科音自然科学研究中心

简介:molclus是一款简便、易用、实用的团簇构型搜索(原子团簇和分子团簇皆可)和分子构象搜索的程序。会将以.xyz轨迹格式记录的初始结构批量调用Gaussian、ORCA、MOPAC、Grimme的xtb程序、Open Babel进行优化或单点计算,并对结果进行统计分析。初始结构可以通过自带的genmer和gentor工具生成,也可以通过分子动力学程序如GROMACS、Amber产生。molclus支持Windows、Linux和MacOS平台。下图是利用molclus对(H2O)4团簇和麻黄碱进行构型/构象搜索的结果的例子。

    


程序介绍与实例(这个就是手册)

使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
genmer:生成团簇初始构型的超便捷工具
gentor:扫描方式做分子构象搜索的便捷工具

基本使用流程:

 

最新版本:1.5 (2018-Aug-28发布)

取获方式

免费版:与完整版的区别在于免费版可处理的原子数上限为30个,下载地址:Windows版Linux 64bit版

完整版:Windows、Linux和MacOS版本价格相同,皆为96元。同时购买两个版本为144元,同时购买三个版本为190元。
:为了造福广大计算化学工作者,molclus完整版的预编译版预计于2019年1月1日开始变为完全免费。如果在此之前希望尽早使用,可以照常购买。

源代码:399元。不分平台。

购买方式:购买可以通过银行转账或支付宝进行支付。购买者请将要购买的内容(预编译的完整版还是源代码、何种平台),以及选用的支付方式发送至sobereva[at]sina.com,我们之后将会把支付账号发送给买方。待确认付款后,程序将通过电子邮件发送给买方。购买本产品可以开具发票,需要者请在邮件中注明,会另行收取额外费用。

购买后可在两年内免费升级,在本页面看到有新版本发布后,届时可以直接向sobereva[at]sina.com索取新版本。

使用咨询:程序售出后,开发者会在精力允许的情况下提供使用上的解答,但不提供任何通过molclus程序进行代理计算的请求。molclus使用极为容易,但购买者购买前应该先阅读上述molclus帖子,确认自己有基本的计算机使用常识和计算化学知识、能够运行免费版本处理简单体系,因为开发者没有时间精力对最基本的计算机和计算化学常识性问题向购买者进行讲解。我们建议遇到molclus使用上的问题的时候,尽可能在计算化学公社论坛(http://bbs.keinsci.com)的量子化学或分子模拟板块发帖咨询,或者直接在上述提到的帖子末尾跟帖提问。

引用方式:如果molclus在你的文章中被使用,必须进行引用,基本格式为(可根据期刊要求修改):Tian Lu, molclus program, Version x.x, http://www.keinsci.com/research/molclus.html (accessed 月 日, 年)。

 


更新历史

2018-Aug-28:1.5版发布。支持了Open Babel(http://openbabel.org),这是免费的格式转换程序,同时附带基于力场的计算功能。通过令molclus调用此程序可以实现基于MMFF94、GAFF、UFF等力场的几何优化和能量计算任务。

2018-Jun-25:1.4.3版发布。对xtb程序作了更好的支持,可以指定运行选项。另外对gentor进行了升级,现在可以用比如e5 120 140来让片段依次旋转120,125,130,135,140度。同时修正了一些bug。

2017-Dec-1:1.4版发布。支持了Grimme开发的做GFN-xtb (见J. Chem. Theory Comput., 13, 1989)计算的xtb程序(可由此免费获得https://www.chemie.uni-bonn.de/pctc/mulliken-center/software/xtb/xtb)。settings.ini里增加了mpioption选项,用于设定Linux下ORCA并行运行时给mpirun的额外参数,例如root用户下运行需要的--allow-run-as-root。

2016-Sep-16:1.3.5版发布。修正了一个某些情况下无法正确读取优化的结构,有时还会导致死循环的bug。

2016-Aug-16:1.3.4版发布。gentor可以现在可以直接设定原子间是否成键,以及设定成键阈值。

2016-Jul-10:1.3.3版发布。修正了gentor无法剔除含有原子过近接触的结构的bug。修正了对计算时间统计的bug。

2016-Jun-18:1.3.2版发布。通过settings.ini里的ibkchk可以将Gaussian对每个结构计算产生的.chk文件进行保留。

2016-Apr-28:1.3.1版发布。此版本修正了读取ORCA优化任务能量错误问题。并且可以靠ngeom参数选择只考虑traj.xyz中某一范围的结构。

2015-Dec-18:1.3版发布。此版本加入了gentor子程序用于通过扫描方式产生分子构象搜索用的初始结构。

2015-Dec-15:1.2版发布。此版本加入了genmer子程序用于方便地批量产生团簇构型的初始结构。isostat增加了输出波尔兹曼分布的功能。

2015-Feb-8:1.1版发布。此版本对所含isostat进行了升级,在对结构归簇时,不仅对比能量,还对比几何结构偏差,都小于设定的阈值时才被归到一个簇里。由此可以区分开能量接近简并的不同构型/构象。

2015-Jan-5:1.0版发布