Molclus:简便的团簇构型和分子构象搜索程序



开发者:卢天(北京科音自然科学研究中心

程序介绍与实例使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索

购买与使用咨询:向sobereva[at]sina.com发邮件

简介:molclus是一款简便的团簇构型搜索和分子构象搜索的程序。会将以.xyz轨迹格式记录的初始结构批量调用Gaussian、ORCA或MOPAC2012/2016程序进行优化或单点计算,并对结果进行统计分析。初始结构可以通过自带的genmer和gentor工具生成,也可以通过分子动力学程序如Gromacs、Amber产生。molclus支持Windows、Linux和MacOSX平台。下图是利用molclus对(H2O)4团簇和麻黄碱进行构型/构象搜索的结果。

    

 

最新版本:1.3.5 (2016-Sep-16发布)

 

获取方式

免费版:与完整版的区别在于免费版可处理的原子数上限为30个,下载地址:Windows版Linux 64bit版

完整版:Windows、Linux和MacOSX版本价格相同,皆为96元。同时购买两个版本打75折,三个都买打六折。

源代码:399元。不分平台。

购买可以通过中国银行、工商银行、招商银行、支付宝、Paypal进行支付。购买者请将要购买的内容(预编译的完整版还是源代码、何种平台),以及选用的支付方式发送至sobereva@sina.com,我们之后将会把支付账号发送给买方。待确认付款后,程序将通过电子邮件发送给买方。购买本产品可以开具发票,需要者请在邮件中注明,同时需要加收15元邮寄费。

购买后可在两年内免费升级,在本页面看到有新版本发布后,届时可以直接向sobereva[at]sina.com索取新版本。

 


更新历史

2016-Sep-16:1.3.5版发布。修正了一个某些情况下无法正确读取优化的结构,有时还会导致死循环的bug。

2016-Aug-16:1.3.4版发布。gentor可以现在可以直接设定原子间是否成键,以及设定成键阈值。

2016-Jul-10:1.3.3版发布。修正了gentor无法剔除含有原子过近接触的结构的bug。修正了对计算时间统计的bug。

2016-Jun-18:1.3.2版发布。通过settings.ini里的ibkchk可以将Gaussian对每个结构计算产生的.chk文件进行保留。

2016-Apr-28:1.3.1版发布。此版本修正了读取ORCA优化任务能量错误问题。并且可以靠ngeom参数选择只考虑traj.xyz中某一范围的结构。

2015-Dec-18:1.3版发布。此版本加入了gentor子程序用于通过扫描方式产生分子构象搜索用的初始结构。

2015-Dec-15:1.2版发布。此版本加入了genmer子程序用于方便地批量产生团簇构型的初始结构。isostat增加了输出波尔兹曼分布的功能。

2015-Feb-8:1.1版发布。此版本对所含isostat进行了升级,在对结构归簇时,不仅对比能量,还对比几何结构偏差,都小于设定的阈值时才被归到一个簇里。由此可以区分开能量接近简并的不同构型/构象。

2015-Jan-5:1.0版发布