北京科音分子动力学与GROMACS培训班

 

下一届本培训举办时间见北京科音首页http://www.keinsci.com的预告栏。着急开展研究、等不及下届培训者可以购买往届培训资料自学,方式见本页面“购买往届资料”部分。非常仔细阅读本页面后若对培训仍有不清楚的地方请发邮件至北京科音官方邮箱keinsci@sina.com咨询,我们会尽快回复。

本页面最后更新:2023-Oct-10


培训介绍

北京科音自然科学研究中心(http://www.keinsci.com)举办的“北京科音分子动力学与GROMACS培训班”是系统性学习分子动力学模拟的最佳途径。本培训既适合初学者从零起步迅速上手分子动力学模拟,也非常适合已经具备一定研究经验者提升整体模拟水平。本培训涉及的内容相当广泛、极其系统,对分子模拟技术和GROMACS程序的各方面都有很全面的讲解,并穿插介绍大量经验技巧。只要把这个培训班的内容完全掌握,稍加举一反三,对各种类型的体系就都能理想、顺利地进行模拟,哪怕是培训中没有举例的模拟体系。

本培训对于分子动力学和GROMACS初学者是绝对不容错过的。分子动力学模拟研究涉及的知识相当广泛和琐碎,GROMACS也完全不是黑箱式的程序,涉及的操作、命令、细节极多,新人光是自己啃讲授基本理论的书籍和照着网上缺乏系统性的零七八碎的(很多还是严重误人子弟的)资料鼓捣,极难正确摸索出门道,距离能算出有意义的数据并发表文章遥遥无期,还总是会由于犯低级错误导致白白浪费巨量时间和计算资源、投文章后被审稿人告知模拟方法存在严重不合理性而被拒或者需要重算!而本培训则可以为初学者上手分子动力学计算扫清各种可能涉及到的障碍,彻底理清头绪,一次性搞懂如何正确地建模、计算和恰当地分析结果,最最起码能节约他们半年自己摸索的时间。本培训内容详实程度就像宝典,即便在初学者已经入门后,时常反复复习加深印象,水平还可以再进一步提升。即便是由于特殊原因需要使用AMBER、NAMD、LAMMPS等其它动力学程序的初学者,本培训对他们也极有好处,因为用不同动力学程序做模拟所需要的知识很大程度上都是共通的,一旦通过参加本培训玩转了GROMACS和VMD并同时具备了足够的分子模拟的理论知识,自己看相关手册和教程上手其它动力学模拟程序也就没有多少难度了。

本培训的内容深度绝非仅限于初级的水平,而是入门+提高。本培训涉及的模拟体系和问题广泛,对模拟技术和GROMACS程序各方面有特别系统、全面和深入的讲解,并穿插介绍大量经验技巧,因此也非常适合已具备一定分子动力学知识和GROMACS使用经验的研究者进一步提升水平、查缺补漏。往届培训中有使用GROMACS经验超过十年的很有经验的分子动力学研究者都表示参加之后学到了很多东西,收获颇丰。值得一提的是,一些研究者自以为自己已经会做分子动力学了,但他们往往实际上只是懂一些皮毛程度的基础操作而已、能凑合把动力学跑起来,实则知识架构凌乱、知识面狭窄,大量非常重要的技术、技巧、方法、经验都没有具备,而且对一些问题还有错误的认识、偏见和误解,自己却长期浑然不知。参加本培训真正好好完整、正确地学一遍,对于这样程度的学员极有好处,明显有助于他们更好、更快地做出优秀的成果。

本培训由于超高的含金量、极度充实的内容以及良心的价格,得到历届参加者们的高度评价!非常欢迎点击此链接查看历届本系列培训的回顾、照片以及学员们参加后的感想!每次培训后在专用QQ群里都有大量学员对培训表示由衷的感谢,例如


附:GROMACS是什么?适合模拟什么?

GROMACS(http://www.gromacs.org)是最流行的分子动力学模拟程序,用户数目甚至比起其它所有动力学程序总和还要多!GROMACS之所以如此流行,在于它有诸多关键性优点:速度极快(是所有主流动力学程序里基本上最快的)、开源免费、功能全面、十分灵活、用户群庞大(因此有问题很容易得到同行帮助、有同行开发的大量第三方辅助工具可用)。GROMACS是通用目的,对一个体系只要提供了合适的力场(可以是GROMACS自带的、文献中获取的、Sobtop等第三方工具产生的),GROMACS就能模拟,能研究的体系包括但绝不仅限于:气相分子、小分子溶液、离子液体、熔盐、纳米体系、固-液界面、气-液界面、分子晶体、无机矿物、金属、聚合物、蛋白质、核酸、糖类、生物膜。值得一提的是,在网上会看到有某些人声称“GROMACS主要适合的是模拟生物体系”,这完全是以讹传讹,他们对GROMACS就连皮毛程度的认识都没有。GROMACS非常擅长模拟生物分子体系,而生物分子体系绝对不是强大、普适的GROMACS只擅长的。在Google学术搜索上稍微花点时间就会了解到GROMACS研究的体系和问题真是极其广泛。由于GROMACS的前述诸多优点,凡是GROMACS能计算的问题,GROMACS都是绝对优先推荐使用的程序,也因此GROMACS是学习分子动力学模拟最最应当优先掌握的程序。

也应当知道GROMACS有一个明显局限性是不支持模拟动力学过程中共价键形成和断裂的情况,如果要模拟凝聚相体系动力学中涉及化学键改变的问题,可以使用CP2K程序做第一性原理动力学实现。GROMACS还有一个局限性是支持的势函数的类型不是特别多,例如描述Fe等一些金属在文献中没有GROMACS能支持的对势形式,需要用EAM等多体势才行,这在CP2K程序做动力学时可以支持。有这方面研究需求者推荐参加北京科音CP2K第一性原理动力学培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html),里面有充分的相关讲解,但在参加CP2K培训之前仍强烈建议先参加一次分子动力学与GROMACS培训班系统性学习一遍动力学模拟的各方面背景知识和相关辅助分析程序的使用,这些关键内容在CP2K培训里不再重复讲授。

 

培训费用

每一届培训费用会酌情调整,目前培训费用如下

• 学生自费价:1650元
• 教师(含博士后)以及企业人员自费价:1950元
• 学生公费价:2450元
• 教师(含博士后)公费价:2700元
• 企业人员公费价:3000元

购买往届资料(等同于不到现场参加。不叫线上培训):上一届培训的纸质讲义(不提供电子版ppt)、现场录音(没有现场录像)、电子资料(所有输入输出文件、补充电子文档和相关程序)、补充视频(仅包含前述的现场来不及讲的“第五天”部分)可以在任何时间向北京科音官方购买。纸质讲义通过快递发送(支持顺丰寄往海外,邮费自理),电子资料通过网盘提供。由于讲义和讲授音频都极其详细,通过这些资料自学也有很好的效果(如果对不到场学习效果有顾虑的话可以参考以往不到场学员在此帖里的评论)。有购买需求者可随时发邮件至北京科音官方邮箱keinsci@sina.com与我们联系,邮件里请注明要购买的培训班的名称,费用和上面列出的相同。可以开具发票以供报销。

声明:本培训涉及的一切相关资料严禁擅自复制、传播、将内容挪至它用。我们会经常对互联网进行搜索,在计算化学领域的诸多学术QQ群里、公众号或者up主的订阅者里也都有我们的往届学员。非法利用我们的培训资料的行为一经发现,必将严厉追究法律责任、通报相关单位,并且会在计算化学公社论坛上进行公示。

 

培训内容

注:以下没有专门提及的信息在《北京科音办的培训班FAQ》(http://bbs.keinsci.com/thread-5098-1-1.html)里基本都能找到答案。

培训中的我们精心制作的幻灯片多达约1600页,提供的输入输出文件、脚本文件等多达1800多个。培训在现场授课四天(4*8=32小时,答疑时间另计)。由于本培训的信息量超级大,有限的4天时间内讲不完,因此我们还向学员提供约10个小时的补充视频,相当于额外又讲了一天多的信息量,所以本培训可以视为是4+1天的课程。

培训课后还留有现场答疑时间,会详细解答学员在本次课程学习中以及科研当中遇到的各种问题。另外,培训还有专属的QQ群,培训结束后一周内如果对培训所讲的内容有任何疑问、没完全搞懂的地方都可以在群里提问。培训群解散后如果还有课上的问题需要咨询,在规模最大、最活跃的9000人的计算化学综合性交流QQ群“思想家公社”(18616395、466017436、764390338,哪个能搜到说明哪个目前能加)和世界范围最专业、人气最高的计算化学论坛“计算化学公社论坛”里可以继续提问,会继续得到我们的义务永久的解答。

本培训讲授者为北京科音自然科学研究中心主任卢天,有超过17年分子模拟研究经验与GROMACS使用经验,从2006年起在互联网上长年累月义务解答巨量分子动力学与GROMACS方面的各种疑问,也是知名的强大的GROMACS拓扑文件创建程序Sobtop的开发者。个人介绍见北京科音官网的“人才队伍”页面。

经常有人询问零基础者参加本培训能不能行,实际上没有丝毫问题。培训会对分子动力学知识和GROMACS及相关程序的使用从头讲起,有高中程度的物理和化学知识,以及知道微积分是什么,就足以学习本课程。由于本培训信息量巨大,内容极为充实紧凑,基础越薄弱的学员越需要在参加时聚精会神听讲、在课后反复复习讲义并勤加练习。

本培训的内容每一届都会进行更新、修补、改进,并始终使内容与时俱进。因此参加过一次之后,隔两、三年若再次参加,又明显会有很多新的收获。

目前本培训主要内容和讲授顺序如下,各主题的ppt页数一并列出:

 

其它相关说明

之所以北京科音的基础性分子动力学培训是结合GROMACS来讲授,而不单独开设AMBER动力学程序的培训班,这是因为对于大多数分子动力学研究者所涉及的体系和模拟方法来说,GROMACS明显更为好用,更为灵活,速度更快,自带力场更多且更容易扩充,有更多的第三方辅助工具可用,而且完全免费,用户数目也是AMBER用户的至少3倍以上(其它所有动力学程序的用户总量的加和才与GROMACS用户数相近,见http://sobereva.com/599)。AMBER比GROMACS的优点主要仅在于支持一些高级模拟和分析方法,这些内容在北京科音的高级分子动力学培训班里才会讲授。AMBER官网上有非常全面的教程,但需要具备动力学模拟的基础知识才能比较好地领会。只要把北京科音分子动力学与GROMACS培训班的东西充分消化了,再看AMBER官网上的教程就毫无压力、可以很快上手了。NAMD、CHARMM、Tinker相对而言更为小众向,使用必要性更低,所以我们没有专门办相应培训的打算。

Lammps的用户也不少(但只有GROMACS的好几分之一),主要适合用于材料和力学特征方面的模拟,与GROMACS虽然也有交集但是不大,凡是GROMACS适合研究的问题,GROMACS都远比LAMMPS好用而且速度还快得多得多。GROMACS与Lammps的关系建议参看http://bbs.keinsci.com/thread-13355-1-1.html的6楼以及http://bbs.keinsci.com/thread-12090-1-1.html的讨论。即便你是用Lammps算材料类型体系的研究者,参加本培训也非常有好处,因为模拟的算法和原理、力场的形式、程序的设计思想,以及很多可视化及辅助分析程序(如VMD及其tcl脚本的编写)在很大程度上都是共通的。

参加过本培训并且将内容充分消化后,其它程序的使用水平也会同时得到很大长进,自学其它的模拟程序时也会感觉得心应手。

值得一提的是,目前社会上山寨科研培训极多,各种虚假宣传并且以偷鸡摸狗的方式疯狂滥发广告,质量特别低劣却价格贵得离谱(内容不足本培训的1/10多,价格却是本培训的两倍以上!),很多病急乱投医的人花了几千块钱什么也没学到还打击了自信心,关于这点在《辨别山寨坑钱科研培训的关键九点》中有专门提及,请大家务必谨慎分辨避免上当受骗。另外,网上还有不少机构兜售的一些粗制滥造的GROMACS视频课程,大家不要轻易购买,这类视频基本都是些零七八碎的操作演示,没有什么含金量和干货,也都没有像样的幻灯片,因此看这种视频顶多只能学到一些操作上的皮毛(往往还是错的),完全无法系统性地掌握模拟的相关原理和程序的用法,学完了还是一头雾水、没有任何实感,更不知道怎么开展自己的研究。参加我们培训的一些学员向我们表示他们之前参加那些培训、买一些视频课完全是白白花了冤枉钱。如果不明白这些山寨培训和粗制滥造的视频课与真正高含金量的北京科音举办的培训的天壤之别的话,不妨来看看精心制作、100%原创的北京科音分子动力学与GROMACS培训班的讲义是什么水准,随机抽取6页如下所示,可见各种知识、要点、细节都讲得清楚至极,而且极其严谨和考究,幻灯片是真正呕心沥血制作出来的,这是任何其它培训/视频课都远远做不到的。