最后更新:2020-Apr-13

北京科音自然科学研究中心举办的“北京科音分子动力学与GROMACS培训班”是系统性学习分子动力学模拟的最佳途径。本培训既适合初学者从零起步上手分子动力学模拟,也适合已经具备一定研究经验者查缺补漏,并全面提高模拟水平。无论是新人还是老鸟都能在本次培训中收获颇丰。本培训涉及的内容相当广泛,讲授十分系统,对分子模拟技术和GROMACS程序的各方面有很全面的讲解,并穿插介绍大量经验技巧。只要把这个培训班的内容完全掌握,稍加举一反三,各种类型的体系就都能理想、顺利地进行模拟。培训中的幻灯片共1400多页,提供的输入输出文件、脚本文件等超过1600个,为时四天(4*8=32小时,答疑时间另计)。

课后还留有答疑时间,会详细解答学员在本次课程学习中以及科研当中遇到的各种问题。另外,培训还有专属的QQ群,培训结束后一周内如果对培训所讲的内容有任何疑问、没完全搞懂的地方都可以在群里提问。培训群解散后如果还有问题需要咨询,在6000人的思想家公社QQ群(18616395、466017436)和计算化学公社论坛里会继续得到免费解答。

本培训由于非常高的含金量、极度充实的内容以及良心的价格,得到历届参加者们的高度评价!历届本培训班的回顾、照片以及学员们的课后感想请参见此链接

本培训讲授者为北京科音自然科学研究中心主任卢天,有非常丰富的GROMACS使用经验,常年在互联网上解答巨量分子动力学与GROMACS方面的疑问,个人介绍见北京科音官网的“人才队伍”页面。

经常有人询问零基础者参加本培训能不能行,实际上没有丝毫问题。培训会对分子动力学知识和GROMACS及相关程序的使用从头讲起。由于本培训信息量巨大,内容极为充实紧凑,基础越薄弱的学员越需要在参加时聚精会神听讲(建议每日带一罐红牛)、在课后反复复习讲义并勤加练习。

各种与北京科音举办的培训班有关的常见问题,如时间、报名、付款等等,请参见北京科音办的培训班FAQ。北京科音自然科学研究中心还举办高级分子动力学培训班,敬请关注北京科音官网http://www.keinsci.com的“科研培训”栏目。

本培训大体内容和讲授顺序如下:

本培训的内容每一届都会进行修补、扩充、改良。因此参加过一次之后,隔两年左右若再次参加,明显又会有很多新的收获。

注:之所以北京科音的基础性分子动力学培训是结合GROMACS来讲授,而不开设Amber动力学程序的培训班,这是因为对于大多数分子动力学研究者所涉及的体系和模拟方法来说,GROMACS明显更为好用,更为灵活,速度更快,自带力场更多且更容易扩充,有更多的第三方辅助工具可用,而且完全免费,用户数目也是Amber用户的至少5倍以上(其它所有动力学程序的用户总量的加和才与GROMACS用户数相近)。Amber比GROMACS的好处仅在于支持一些高级模拟和分析方法,这些内容在北京科音的高级分子动力学培训班里才会讲授。而NAMD、CHARMM、Tinker相对而言更为小众向,使用必要性更低,所以我们没有专门办相应培训的打算。

Lammps的用户也不少(但远少于GROMACS),主要适合用于材料和力学特征方面的模拟,与GROMACS虽然也有交集但是不大,凡是GROMACS适合研究的问题,GROMACS都远比LAMMPS好用而且速度还快得多得多。GROMACS与Lammps的关系建议参看http://bbs.keinsci.com/thread-13355-1-1.html的6楼以及http://bbs.keinsci.com/thread-12090-1-1.html的讨论。即便你是用Lammps算材料类型体系的研究者,参加本培训也非常有好处,因为方法原理、程序的很多思想,以及很多辅助程序都是共通的。