最后更新:2018-Jul-25

北京科音分子动力学与GROMACS培训班既适合初学者从零起步入手分子动力学模拟,也适合已经具备一定研究经验者查缺补漏,全面提高模拟水平。本培训涉及的内容相当广泛,讲授十分系统,幻灯片约1300页,提供的输入输出文件、脚本文件等多达1500个,为时四天(4*8=32小时,答疑时间另计)。大体内容和讲授顺序如下:

培训课后还留有答疑时间,会详细解答学员本次课程学习中以及科研当中遇到的各种问题。另外,培训还有专属的QQ群,培训结束后一周内如果对培训所讲的内容有任何疑问、没完全搞懂的地方都可以在群里提问。

经常有人询问零基础者参加本培训能不能行,实际上没有丝毫问题。培训会对分子动力学知识和GROMACS及相关程序的使用从头讲起。由于本培训信息量巨大,内容极为充实紧凑,基础越薄弱的学员越需要在参加时聚精会神听讲(建议每日带一罐红牛)、在课后反复复习讲义并勤加练习。

北京科音自然科学研究中心还举办高级分子动力学培训班,敬请关注北京科音官网http://www.keinsci.com的科研培训栏目。各种与北京科音培训班有关的问题请参见北京科音办的培训班FAQ

注:之所以北京科音的基础性分子动力学培训是结合GROMACS来讲授,而开设Amber动力学程序的培训班,这是因为对于大多数分子动力学研究者所涉及的体系和模拟方法来说,GROMACS明显更为好用,更为灵活,速度更快,自带力场更多且更容易扩充,有更多的第三方辅助工具可用,而且完全免费,用户数目也是Amber用户的至少5倍以上。Amber比GROMACS的好处仅在于支持一些高级模拟和分析方法,这些内容在北京科音的高级分子动力学培训班里才会讲授。而NAMD、CHARMM、Tinker相对而言更为小众向,使用必要性更低,所以我们没有专门办相应培训的打算。Lammps的用户比较多,但主要适合用于材料方面的模拟,与GROMACS没有明显交集。