北京科音分子动力学与GROMACS培训班介绍

 

下一届本培训举办时间见北京科音首页http://www.keinsci.com的预告栏。本页面最后更新:2022-Aug-8

北京科音自然科学研究中心举办的“北京科音分子动力学与GROMACS培训班”是系统性学习分子动力学模拟的最佳途径。本培训既适合初学者从零起步迅速上手分子动力学模拟,也非常适合已经具备一定研究经验者查缺补漏、深化对知识概念的理解、全面提高对各种问题的模拟水平。无论是新人还是老鸟都能在本次培训中收获颇丰,之前有做动力学模拟已达10年的经验丰富的学员都表示从本培训中新学到了很多东西。本培训涉及的内容相当广泛、极度系统,对分子模拟技术和GROMACS程序的各方面都有很全面的讲解,并穿插介绍大量经验技巧。只要把这个培训班的内容完全掌握,稍加举一反三,对各种类型的体系就都能理想、顺利地进行模拟,哪怕是培训中没有举例的模拟体系。

本培训对于分子动力学和GROMACS初学者更是绝对不容错过的。这部分研究涉及的知识相当广泛和琐碎,而且涉及的操作、命令、细节极多,新人光是自己啃讲授基本理论的书籍和照着网上缺乏系统性的零七八碎的(很多还是严重误人子弟的)资料鼓捣,极难正确摸索出门道,距离能算出有意义的数据并发表文章遥遥无期,还总是会由于犯低级错误导致白白浪费巨量时间和计算资源、投文章后被审稿人告知模拟方法存在严重不合理性而被拒或者需要重算。而本培训则可以为初学者上手分子动力学计算扫清各种可能涉及到的障碍,彻底理清头绪,一次性搞懂如何正确地建模、计算和恰当地分析结果。本培训内容详实程度就像宝典,即便在初学者已经入门后,时常反复复习加深印象,水平还可以再进一步提升。即便是由于特殊原因需要使用AMBER、NAMD、LAMMPS等其它动力学程序的初学者,本培训对他们也极有好处,因为用不同动力学程序做模拟所需要的知识很大程度上都是共通的,一旦通过参加本培训玩转了GROMACS和VMD并同时具备了足够的分子模拟的理论知识,自己看相关手册和教程上手其它动力学模拟程序也就没有多少难度了。

 

培训中的我们精心制作的幻灯片多达约1600页,提供的输入输出文件、脚本文件等多达1800多个。培训在现场授课四天(4*8=32小时,答疑时间另计)。由于本培训的信息量超级大,有限的4天时间内讲不完,因此我们还向学员提供约10个小时的补充视频,相当于额外又讲了一天多的信息量,所以本培训可以视为是4+1天的课程。

培训课后还留有现场答疑时间,会详细解答学员在本次课程学习中以及科研当中遇到的各种问题。另外,培训还有专属的QQ群,培训结束后一周内如果对培训所讲的内容有任何疑问、没完全搞懂的地方都可以在群里提问。培训群解散后如果还有课上的问题需要咨询,在规模最大、最活跃的9000人的计算化学综合性交流QQ群“思想家公社”(18616395、466017436、764390338,哪个能搜到说明哪个目前能加)和世界范围最专业、人气最高的计算化学论坛“计算化学公社论坛”里可以继续提问,会继续得到我们的义务永久的解答。

本培训由于超高的含金量、极度充实的内容以及良心的价格,得到历届参加者们的高度评价!非常欢迎点击此链接查看历届本系列培训的回顾、照片以及学员们的课后感想!每次培训后在专用QQ群里都有大量学员对培训表示由衷的感谢

本培训讲授者为北京科音自然科学研究中心主任卢天,有超过15年分子模拟研究经验与GROMACS使用经验,从2006年起在互联网上长年累月义务解答巨量分子动力学与GROMACS方面的各种疑问。个人介绍见北京科音官网的“人才队伍”页面。

经常有人询问零基础者参加本培训能不能行,实际上没有丝毫问题。培训会对分子动力学知识和GROMACS及相关程序的使用从头讲起。由于本培训信息量巨大,内容极为充实紧凑,基础越薄弱的学员越需要在参加时聚精会神听讲(建议每日带一罐红牛)、在课后反复复习讲义并勤加练习。

各种与北京科音举办的培训班有关的常见问题,如时间、报名、付款等等,请参见北京科音办的培训班FAQ。北京科音自然科学研究中心还举办高级分子动力学培训班,敬请关注北京科音官网http://www.keinsci.com的“科研培训”栏目。

往届培训的纸质讲义、现场录音(没有现场录像)、电子资料(所有输入输出文件、补充电子文档和相关程序)、补充视频(仅包含前述的现场来不及讲的“第五天”部分)可以向北京科音官方购买,费用和到现场参加培训者相同,有需求者请发邮件至北京科音官方邮箱keinsci@sina.com与我们联系,邮件里请注明要购买的培训班名称。注:培训相关资料严禁擅自复制、传播,一经发现,将严厉追究法律责任。

不到场参加的情况:往届培训的纸质讲义(不提供电子版ppt)、现场录音(没有现场录像)、电子资料(所有输入输出文件、补充电子文档和相关程序)、补充视频(仅包含前述的现场来不及讲的“第五天”部分)可以在任何时间向北京科音官方购买。通过这些资料自学也有不错的效果。有需求者可随时发邮件至北京科音官方邮箱keinsci@sina.com与我们联系,邮件里请注明要购买的培训班的名称,费用和到现场参加往届培训相同:
• 学生自费价:1650元
• 教师(含博士后)以及企业人员自费价:1950元
• 学生公费价:2450元
• 教师(含博士后)公费价:2700元
• 企业人员公费价:3000元
注:培训相关资料严禁擅自复制、传播、将内容挪至他用,一经发现,将严厉追究法律责任。

本培训主要内容和讲授顺序如下:

本培训的内容每一届都会进行更新、修补、改进,并始终使内容与时俱进。因此参加过一次之后,隔两、三年若再次参加,又明显会有很多新的收获。

注:之所以北京科音的基础性分子动力学培训是结合GROMACS来讲授,而不开设Amber动力学程序的培训班,这是因为对于大多数分子动力学研究者所涉及的体系和模拟方法来说,GROMACS明显更为好用,更为灵活,速度更快,自带力场更多且更容易扩充,有更多的第三方辅助工具可用,而且完全免费,用户数目也是Amber用户的至少3倍以上(其它所有动力学程序的用户总量的加和才与GROMACS用户数相近,见http://sobereva.com/599)。Amber比GROMACS的优点主要仅在于支持一些高级模拟和分析方法,这些内容在北京科音的高级分子动力学培训班里才会讲授。而NAMD、CHARMM、Tinker相对而言更为小众向,使用必要性更低,所以我们没有专门办相应培训的打算。

Lammps的用户也不少(但远少于GROMACS),主要适合用于材料和力学特征方面的模拟,与GROMACS虽然也有交集但是不大,凡是GROMACS适合研究的问题,GROMACS都远比LAMMPS好用而且速度还快得多得多。GROMACS与Lammps的关系建议参看http://bbs.keinsci.com/thread-13355-1-1.html的6楼以及http://bbs.keinsci.com/thread-12090-1-1.html的讨论。即便你是用Lammps算材料类型体系的研究者,参加本培训也非常有好处,因为模拟的算法和原理、力场的形式、程序的设计思想,以及很多可视化及辅助分析程序(如VMD及其tcl脚本的编写)在很大程度上都是共通的。

参加过本培训并且将内容充分消化后,其它程序的使用水平也会同时得到很大长进,自学其它的模拟程序时也会感觉得心应手。

 

顺带一提,目前社会上山寨科研培训极多,各种虚假宣传和滥发广告,质量特别低劣却价格贵得离谱(内容不足本培训的1/10多,价格却是本培训的两倍以上!),很多病急乱投医的人花了几千块钱什么也没学到还打击了自信心,关于这点在《辨别山寨坑钱科研培训的关键九点》中有专门提及,请大家务必谨慎分辨避免上当受骗。如果不明白这种山寨培训与北京科音举办的培训的天壤之别的话,不妨来看看精心制作、100%原创的北京科音分子动力学与GROMACS培训班的讲义是什么水准,随便抽取六页: