第12届北京科音分子动力学与GROMACS程序培训班第一轮通知

通知：本次培训报名一如既往地火爆，3月15日12:00报名开始几分钟就已报满200人现场名额，不再接受报名。如果是不到现场参加的情况，我们没有名额限制，依然可报名，请在邮件中注明（这不叫线上培训，仔细看本页面的“关于不到现场参加的情况”部分的说明）。

下一届本培训约半年后举办，请关注北京科音主页的培训预告栏目，并建议加入“北京科音”微信公众号以获取即将开展的培训提醒。

发布日期：2023年3月15日

北京科音自然科学研究中心（www.keinsci.com）连同北京科韵科技发展中心将于2023年4月6日至9日于北京开办“第12届北京科音分子动力学与GROMACS培训班”，现接受报名。人数有限，报满即止，欢迎报名并相互告知！详情如下。

培训简介

分子动力学方法自诞生至今已有半个世纪的历史，是分子模拟领域的关键组成，如今在溶液、生物大分子、聚合物、无机材料、纳米技术等研究领域中已成为不可或缺的研究方法之一。GROMACS以其高效、免费、灵活、易用等优点，成为了目前用户最多、使用最广泛的分子动力学程序，它也是踏入分子动力学研究领域最优先应当掌握的程序。

北京科音自然科学研究中心自2015年起已成功举办过近50届计算化学相关培训，参加人数超过7000人，有不少海外学者专程回国参加。培训内容非常充实，讲授深入浅出，且费用良心，得到了学员们广泛好评，显著提升了学员们的理论基础和应用水平，在领域内获得了极好的口碑，场场爆满，非常欢迎点击此链接查看所有历届培训信息。近几届的分子动力学与GROMACS培训班的回顾和学员参后感可点击这些链接查看：第五届，第六届，第七届，第八届，第九届，第10届，第11届。

本次第12届分子动力学与GROMACS培训班将一如既往继承北京科音历届培训的极高品质，并且对往届培训内容又做了扩充和改进，以体现分子动力学领域最新进展、使学员能收获更多有价值的知识和经验技巧。

培训中将会用简单易懂的语言和非常丰富的实例，以最好、最快、最正确的方式带领参加者顺利踏入分子动力学模拟的大门，在了解分子动力学基础知识的同时能够通过GROMACS程序顺利、合理地完成各种常见体系的分子动力学模拟任务，并学会如何对结果进行分析处理来获得对研究工作有用的数据。本培训既适合初学者从零起步迅速上手分子动力学模拟，也非常适合已经具备一定研究经验者提升整体模拟水平。本培训涉及的内容相当广泛、极其系统，对分子模拟技术和GROMACS程序的各方面都有很全面的讲解。只要把这个培训班的内容完全掌握，稍加举一反三，对各种类型的体系就都能理想、顺利地进行模拟，哪怕是培训中没有举例的模拟体系。

本培训对于分子动力学和GROMACS初学者是绝对不容错过的。分子动力学模拟研究涉及的知识相当广泛和琐碎，GROMACS也完全不是黑箱式的程序，涉及的操作、命令、细节极多，新人光是自己啃讲授基本理论的书籍和照着网上缺乏系统性的零七八碎的（很多还是严重误人子弟的）资料鼓捣，极难正确摸索出门道，距离能算出有意义的数据并发表文章遥遥无期，还总是会由于犯低级错误导致白白浪费巨量时间和计算资源、投文章后被审稿人告知模拟方法存在严重不合理性而被拒或者需要重算！而本培训则可以为初学者上手分子动力学计算扫清各种可能涉及到的障碍，彻底理清头绪，一次性搞懂如何正确地建模、计算和恰当地分析结果，最最起码能节约他们半年自己摸索的时间。本培训内容详实程度就像宝典，即便在初学者已经入门后，时常反复复习加深印象，水平还可以再进一步提升。即便是由于特殊原因需要使用AMBER、NAMD、LAMMPS等其它动力学程序的初学者，本培训对他们也极有好处，因为用不同动力学程序做模拟所需要的知识很大程度上都是共通的，一旦通过参加本培训玩转了GROMACS和VMD并同时具备了足够的分子模拟的理论知识，自己看相关手册和教程上手其它动力学模拟程序也就没有多少难度了。

本培训的内容深度绝非仅限于初级的水平，而是入门+提高。本培训涉及的模拟体系和问题广泛，对模拟技术和GROMACS程序各方面有特别系统、全面和深入的讲解，并穿插介绍大量经验技巧，因此也非常适合已具备一定分子动力学知识和GROMACS使用经验的研究者进一步提升水平、查缺补漏。往届培训中有使用GROMACS经验超过十年的很有经验的分子动力学研究者都表示参加之后学到了很多东西，收获颇丰。值得一提的是，一些研究者自以为自己已经会做分子动力学了，但他们往往实际上只是懂一些皮毛程度的基础操作而已、能凑合把动力学跑起来，实则知识架构凌乱、知识面狭窄，大量非常重要的技术、技巧、方法、经验都没有具备，而且对一些问题还有错误的认识、偏见和误解，自己却长期浑然不知。参加本培训真正好好完整、正确地学一遍，对于这样程度的学员极有好处，明显有助于他们更好、更快地做出优秀的成果。

附：GROMACS是什么？适合模拟什么？ GROMACS（http://www.gromacs.org）是最流行的分子动力学模拟程序，用户数目甚至比起其它所有动力学程序总和还要多！GROMACS之所以如此流行，在于它有诸多关键性优点：速度极快（是所有主流动力学程序里基本上最快的）、开源免费、功能全面、十分灵活、用户群庞大（因此有问题很容易得到同行帮助、有同行开发的大量第三方辅助工具可用）。GROMACS是通用目的，对一个体系只要提供了合适的力场（可以是GROMACS自带的、文献中获取的、Sobtop等第三方工具产生的），GROMACS就能模拟，能研究的体系包括但绝不仅限于：气相分子、小分子溶液、离子液体、熔盐、纳米体系、固-液界面、气-液界面、分子晶体、无机矿物、金属、聚合物、蛋白质、核酸、糖类、生物膜。值得一提的是，在网上会看到有某些人声称“GROMACS主要适合的是模拟生物体系”，这完全是以讹传讹，他们对GROMACS就连皮毛程度的认识都没有。GROMACS非常擅长模拟生物分子体系，而生物分子体系绝对不是强大、普适的GROMACS只擅长的。在Google学术搜索上稍微花点时间就会了解到GROMACS研究的体系和问题真是极其广泛。由于GROMACS的前述诸多优点，凡是GROMACS能计算的问题，GROMACS都是绝对优先推荐使用的程序，也因此GROMACS是学习分子动力学模拟最最应当优先掌握的程序。也应当知道GROMACS有一个明显局限性是不支持模拟动力学过程中共价键形成和断裂的情况，如果要模拟凝聚相体系动力学中涉及化学键改变的问题，可以使用CP2K程序做第一性原理动力学实现。GROMACS还有一个局限性是支持的势函数的类型不是特别多，例如描述Fe等一些金属在文献中没有GROMACS能支持的对势形式，需要用EAM等多体势才行，这在CP2K程序做动力学时可以支持。有这方面研究需求者推荐参加北京科音CP2K第一性原理动力学培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html），里面有充分的相关讲解，但在参加CP2K培训之前仍强烈建议先参加一次分子动力学与GROMACS培训班系统性学习一遍动力学模拟的各方面背景知识和相关辅助分析程序的使用，这些关键内容在CP2K培训里不再重复讲授。

讲授者

卢天

卢天任北京科音自然科学研究中心主任，是规模最大的共计9000人的计算化学综合交流群“思想家公社”QQ群（18616395、466017436、764390338）的群主、人气最高且专业性最强的综合性计算化学交流论坛“计算化学公社”（http://bbs.keinsci.com）的创立者和维护者，有超过16年GROMACS使用经验，并长年累月在网上热心、义务解答海量计算化学问题，包括大量的分子动力学与GROMACS相关问题，还开发了如今已经颇为流行的灵活强大的GROMACS拓扑文件创建工具Sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）。卢天在分子动力学模拟方面有丰富的经验和深入的研究，发表文章90余篇，被引用约25000次，连续入选Elsevier中国高被引学者名单，入选全球学者库网站公布的全球排名前10000的中国学者名单，担任60多种国际性期刊的审稿人。卢天讲授过近50期北京科音举办的各类计算化学培训，累计学员约8000人，深受历届学员的好评。个人详细介绍见http://www.keinsci.com/members/Tian_Lu.shtml。

培训内容

本次培训详细讲授内容可在此查看：http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html

本次培训日程如下（由于内容太多，四天课堂时间内无法全部讲完，因此一部分内容通过共约10小时的视频提供给学员自学）：

本培训内容极为丰富，精心制作的幻灯片多达1600多页！涉及的输入输出文件、脚本文件等多达1800多个！培训所用幻灯片将以纸质方式打印装订作为讲义提供给每位学员。由于培训过程中有大量的实例演示，参加培训的学员建议自带笔记本电脑以便跟着演示操作（但课上并不留出练习时间），对电脑配置没有什么要求（但不建议用Mac系统的笔记本）。

本培训有专属的QQ群，在培训后提供两周时间的群内答疑。在群解散后学员还可以在规模最大、人气最高的共9000人的计算化学交流QQ群“思想家公社”（18616395、466017436、764390338，能搜到哪个说明哪个能加）或者水准最高的计算化学论坛“计算化学公社”（http://bbs.keinsci.com）继续询问培训讲授的内容，讲授者看到后都会尽心尽力解答。

本次培训涉及的大部分程序最佳运行环境是Linux系统，为确保学员都能顺利运行它们，在培训前会统一发布安装教学视频，使只会用Windows的学员也能顺利通过虚拟机安装培训用到的各种相关程序，如GROMACS、AmberTools等。没用过虚拟机的学员切勿担心在虚拟机里运行速度迟钝，Linux虚拟机和实体Linux系统运行速度相差不超过15%。另外，我们也会向学员提供我们编译好的支持GPU加速的Windows版GROMACS，使得不习惯用Linux的学员也可以在Windows下顺利做动力学模拟。对于使用Mac系统的学员，我们无法在安装程序方面提供任何帮助。

经常有人询问零基础者参加本培训能不能行，实际上没有丝毫问题。培训会对分子动力学理论知识和GROMACS及相关程序的使用从头讲起。由于本培训信息量巨大，内容极为充实紧凑，基础越薄弱的学员越需要在参加时聚精会神听讲、在课后反复复习讲义并勤加练习。

培训时间

2023年4月6日至9日共四天。授课时间为每日9:00~12:00，13:00~18:00，授课共计4*8=32小时。培训之后会在培训群里向学员提供长度共约10小时的补充视频，供学员自学现场来不及讲的内容。

报到时间为4月5日20:00~20:30，以及4月6日上午8:00~8:30。报到地点为下述的冠京饭店一层大厅。报到时将提供讲义、礼品、邀请函和发票。

培训地点

本次培训的地点为北京市丰台区冠京饭店。

推荐路线：乘地铁9号线或14号线到七里庄站下车，从A2出口出站后坐直梯直接到地面就是冠京饭店正门。强烈建议大家利用百度地图自行搜索合适的乘车路线，根据实际情况输入起始地，并在目的地中输入“北京冠京饭店”。

培训所在的冠京饭店可以提供住宿服务（三星级），请务必通过前台电话预定，可享受会议协议价格。预定电话010-83672999，联系人，林经理13001233477。精致标准间和大床房价格340含早餐，高级标准间370含早餐，都是双人间。若需要合租，可以在本次培训专用的QQ群当中发布寻求合租信息。本次我们不提供代理预定冠京饭店住宿的服务。

培训地点处于地铁站正上方，附近有诸多餐馆、大型超市和银行网点，请利用百度地图对附近进行搜索。我们不统一安排饮食。冠京饭店五层餐厅每日提供20元快餐，包含一大荤一小荤一素菜，主食和汤不限量。教室中有免费的饮用水提供，并且有Wifi、插座。

报名费

学生自费价：1650元
教师（含博士后）以及企业人员自费价：1950元
学生公费价：2450元
教师（含博士后）公费价：2700元
企业人员公费价：3000元

费用包含全四天的听课费+补充视频费+讲义费+电子资料费。学员需要自理食宿和交通费用。费用仅支持转账方式支付。不支持现金和刷卡支付（有需要者可以提供盖有公章的《费用不支持公务卡支付》的证明以便部分学员报销）。

以学生价报名者在报到时请务必携带学生证以证明学生身份，否则需要当场补齐与教师价格的差价。费用可以提供盖有发票章的正规机打发票用于报销。

若付款后因故无法参加，3月29日及之前联系我们可以退还2/3的费用并取消报名，3月29日之后将不予以退还，但可以联系我们转为下述不到现场参加的情况的情况。

关于不到现场参加的情况：如果因故不便到现场参加，可以照常报名并付款（和到现场听课的费用相同），然后由我们快递寄送印有全部培训所用幻灯片的极高含金量的讲义，通过提供的链接下载课上用到的所有电子资料，在培训完全结束后还可以在培训班专用网盘里下载现场的全程培训录音。由此通过讲义+录音+电子资料的方式自学也可以达到不错的学习效果。如果有任何搞不懂的都可以在培训群里问，会及时得到详细的解答。此类学员请在发送报名邮件的时候需注明是不到现场的，我们没有名额限制（注意这不叫线上培训，请勿向我们发邮件问是否有线上培训，本培训绝对不会有线上形式，既没有现场视频也没有现场直播，原因在《北京科音办的培训班FAQ》http://bbs.keinsci.com/thread-5098-1-1.html里红字写明了）。

报名方式

报名开始时间：2023年3月15日中午12:00。原则上我们按照收到邮件的顺序对报名进行登记，现场名额人数有限，报满即止。强烈建议尽早报名以免报不上，每次科音的培训都会在培训通知发布后不久报满。

欲参加本次培训者请点击此处下载报名表，填写完整后发送至keinsci@sina.com。邮件标题统一为姓名+第12届GROMACS班报名，并且请将报名表的文件名改为自己名字。我们收到报名表后将会尽快把具体付款方式和相关细节回复至报名者的邮箱中。无论报名是否报上，我们都会回复邮件以明确告知。连续反复发送多次相同报名表者将被视为恶意扰乱报名工作，从而被降低受理优先级甚至取消报名资格。
注：我们处理邮件需要一定周期，不是当即回复，请切勿几个小时内未收到回复就着急，于是反复重发邮件、询问是否报名成功。但如果超过12小时没有收到回复，请检查是否被邮件系统误当成垃圾邮件，如果没有的话请换个邮箱再次发送报名邮件。